Sarayınn yapımını 1685'de Doğubeyazıt Sancak Beyi Çolak Abdi Paşa başlatmış, saray onun oğlu Çıldır Valisi İshak Paşa ve torunu Mehmet Paşa tarafından 1784'te bitirilmiştir. 7.600 m² bir sahada yapılan sarayın inşaası 99 yıl sürmüştür.

Türk mimarisinin en güzel örneklerinden olan İshakpaşa Sarayı; Türkistan, Selçuklu ve Osmanlı mimari özelliklerini birleştiren bir yapıdır. Camiinin kubbeleri Türkistan kubbeleri gibidir. Saray Topkapı Sarayı'nı andırır, kapıları ise Selçuklu stilindedir.

50 x 115 metre alanı kapsayan sarayın Harem Dairesi iki katlı, diğer bölümleri tek katlı idi. Günümüzde ikinci kat tamamen yıkılmış durumdadır. Saraya ancak doğudaki tepeden açılan bir kapıdan girilir. Diğer tarafları 20-30 metre yükseklikte sağlam duvarlarla çevrilidir. Kapıdan, önce dış avluya girilir. Dış avlunun etrafında uşak ve seyis odaları ve tavlalar vardır. Dış avludan iç avluya kemerli tak şeklinde büyük bir kapıdan girilir. İç avluda çeşitli odalar ve koğuşlar vardır. Ortadaki harem dairesinin duvarlarında İshak Paşa'yı öven yazılar bulunmaktadır. Kapının iki yanında iki aslan heykeli vardır. Divan odası (toplantı salonu) ise 20 metre genişlik ve 30 metre uzunluktadır.

Aynı zamanda, dünyanın ilk kalorifer tesisatı döşenen sarayıdır.

Eskiden sarayın olduğu yer, sarayın tam ortada bulunduğu bir yerleşim merkeziydi. Ova tarafında evler, diğer yanlarda camiler, mezarlık ve diğer yapılar vardı. Fakat bu yapıların hepsi yıkılmıştır. Saray son yıllarda yapılan tamirat ile tamamen yıkılmaktan kurtarılmıştır.