Vakıflar Genel Müdürlüğünce yeni açılan müzeler içerisinde merkez müze konumunda olan müzede, sergi salonları, idari birimler, depolar, geçici sergiler için tahsis edilecek çok amaçlı salonun yanı sıra halı yıkama havuzu, konservasyon ve restorasyon üniteleri de yer almaktadır.

Bir bahçe içerisinde yer alan binanın arka kısmında personel ve müze  ziyaretçilerine hizmet verecek kafeteryası bulunmaktadır.Ankara Vakıf Eserleri Müzesinde; yıllardır  Vakıflar Genel Müdürlüğü depolarında muhafaza edilmiş Türkiye'nin bütün yörelerinden toplanmış halı ve kilim örnekleri, şamdanlar, Kur'an-ı Kerimler,  Padişah Vakfiyeleri, saatler, Hat levhalarının yanı sıra , Ahi Evran Camii'nin 13.yüzyıla ait ahşap pencere kanatları, ile vaaz kürsüleri, çini panolar, para keseleri, önceki yıllarda yurt dışına kaçılmış ve geri alınmış eser örneklerinden kabe örtüleri ve Sivas -Divriği Ulu Camiine ait kapı kanatları, ahşap paneller, Vakıflar Genel Müdürlüğünde kullanılmış fotoğraf makineleri,cam filimler  ve aksesuarları, her türlü teknolojik imkanların yardımıyla sergilenmektedir.