Sart ören yerlerinde çıkan eserlerin sergilendiği yer olması bakımından da önem arz eden Manisa Müzesi, Muradiye Camii’nin batısında, külliyenin medrese ve imarethane bölümlerinde yer almaktadır.

Arkeolojik eserlerin sergilendiği imarethane bölümünde; Bronz Çağdan Bizans Dönemi sonuna kadar heykel lahit gibi parçalar, salon kısmında, toprak kaplar, heykelcikler, mezar taşları, mozaikler, büstler, takılar , cam ve fildişi gibi diğer eşyalar ise yan odalarda görülebilir. Halkın gelenek, görenek, inanç ve yaşam biçimini yansıtan silah, giysi, ev eşyaları ve el yazmaları gibi etnografik eşyalar ise külliyenin medrese kısmında yer alan diğer bölümde görmek mümkündür

 Antik çağlardan beri Sypylos adıyla bilinen dağın kuzey eteklerinde kurulup gelişen Manisa (Magnesia Ad Sipylus) kenti, yaşamını günümüze dek kesintisiz sürdürebilmiş yerleşim yerlerinden biridir. Homeros'a göre Troya Savaşı'na katılan Teselya'lı Magnetler tarafından kurulan ve özellikle İ.Ö. VII-VI. yüzyıllarda Lydia'lılar döneminde bir uygarlık ve kültür beşiği olan Manisa ve yöresi Roma ve Bizans imparatorlukları döneminin de önemli kentlerinden biridir. 1313 yılında Saruhanbey'in kurduğu Saruhanoğulları Beyliği'nin başkenti, Osmanlılar Döneminin şehzadeler kenti olan Manisa; Cumhuriyet Döneminde dinî, kültürel ve mimarî çehresini değiştirmiş, bugün Cumhuriyet Döneminin modern bir kenti olmuştur.

Yüzyıllar boyunca yöre halkının yaşam biçimlerini, üretim güçlerini, inanç ve zevklerini gösteren belgelerin toplanarak korunması, değerlendirilmesi ve sergilenmesi yoluyla geçmişe vefa borcunu ödemeye çalışan Manisalılar, Manisa il sınırları içinde bulunan taşınabilir kültürel varlıklarını Manisa'ya getirerek depolamış ve ilk kez 29 Ekim 1937 günü zamanın valisi Murat Germen'nin de katıldığı bir törenle müze olarak düzenlenen Muradiye Külliyesinin medrese bölümünde teşhire sunmuşlardır.

Kareye yakın dikdörtgen planlı bir iç avlunun etrafını çeviren kubbeli revak ve odalardan oluşan Mimar Sinan'ın medresesi, günden güne sayıları artan eserleri depolayacak ve sergileyecek mekânlar bakımından yetersiz kalınca medresenin doğusunda farklı açıdaki bir eksen üzerine konulmuş olan daha büyük hacimdeki imarethane, 1972 yılında müzenin arkeoloji seksiyonu olarak düzenlenmiştir.

Müzenin arkeoloji seksiyonunda korunmakta ve teşhir edilmekte olan kültür varlıkları özellikle Lydia bölgesinde yaşayan halkların kültür karakterini ve yaşam biçimlerini yansıtması bakımından önemlidir.

Seksiyondaki eserlerin tamamı Lydia bölgesi höyük yerleşmeleri ile, Sardis "Salihli", Philadelphia "Alaşehir", Thyateira "Akhisar", Julia-Gordos "Gördes", Saittai "Demirci", Apollonis "Mecidiye-Akhisar", Magnesia Ad Sipylus "Manisa", Stratonikeia-Hadrianopolis "Siledik-Kırkağaç", Nakrasa "Bakır-Kırkağaç", Attalia "Selçikli-Akhisar", Daldis "Kemer-Salihli", Tabala "Yurtbaşı-Kula", Aigai "Manisa", Kharakipolis "Çağlayan-Gördes", Maioneia "Menye-Kula" vs. gibi antik şehirlerden gelmiştir.

Bu koleksiyondaki yörenin zengin kültürünü Tunç Çağından başlayarak Bizans Devrinin sonuna kadar kesintisiz izlemek mümkündür.

İmarethanenin revakları altında; Anadolu'da ilk çağlardan beri tapılan Bereket Tanrıçası Kybele ve Athena, Dionysos, Hermes gibi tanrıların kült heykelleri ile portre özelliği gösteren Roma Devri heykel ve büstleri sergilenmektedir

Bizans eserleri arasında Meryem-İsa, meleklerden Cebrail ve Mikail'in mermer rölyefi, Sardis'teki tonozlu mezardan getirilmiş tavus kuşlu mezar freski, gümüş incil muhafazası ve çeşitli Hıristiyanlık sembolleri ile değişik tür kandiller, devrinin özelliklerini en iyi şekilde yansıtır bir düzenleme içinde sergilenmiştir.

Müzedeki sikke kolleksiyonunda; bölgemizde ve özellikle Sardis'te en eski devirlerden itibaren basılan ve Osmanlı Devri sonuna kadar uzanan döneme ait sikkeleri kronolojik bir sıra içinde bulabilir; Prehistorik, Arkaik, Klasik, Hellenistik, Roma ve Bizans dönemlerinin kültürlerine ait küçük buluntuların birer örneği olan altın diadem, yüzük, küpe, bilezik, gümüş kâse ve kepçeler, bronz figürinler fildişi saç tokalarının her çeşidini görebiliriz (Resim-5-5a-5b).

Türkiye'de ve dünya müzeleri arasında ilmi açıdan önemli bir yer tutan ve Sardis Salonu diye isimlendirilen müzenin en büyük salonu, 1957 yılından bu yana yapılagelen Sardis kazılarından edinilen eserlere ayrılmıştır. Bu salonda İ.Ö. VII. yüzyıldan itibaren güçlü bir biçimde devletleşmiş Lydia'lıların eserlerini, erken Lydia Sardis'inden geç devir Sardis'ine kadar geçen süreç içindeki kültür alışverişlerini tamamlamış olarak bulabiliriz. Burada Sardis tanrıları, Sardis içki ve mutfak kapları, ritüel yemeklerinin maddî verileri, çeşitli takıların kalıpları ile ünlü Sardis yöneticilerinin evlerine ait taban mozaikleri ve İ.Ö. VI. yüzyılın ortalarında Sardis'te Perslerle yapılan savaşta kullanılmış bronz miğfer ve çeşitli silahlar bulunmaktadır. Aynı zamanda geç devir Sardis'inde sinagog'ta kullanılmış krater ve çiftli arslanlar orijinaline uygun kompozisyonlar içinde halka sunulmuştur

Müzenin heykel salonunda; sinagog mozaiklerinin yanı sıra Aphrodite, genç kız, genç atlet heykelleri, döneminde yararlılık göstermiş ve şehir meclisleri tarafından onurlandırılmış kadın ve erkeklere ait büyük boy heykeller ve mitolojide önemli yer tutan öykülere ait kompozisyonların yontuları sergilenmektedir.

İ.Ö. 25000 yıl önce bölgede yaşayan homo sapiens türü insana ait fosil ayak izlerinden başlayan belgelerin sergilendiği diğer bir salonda ise, bölgenin prehistorik yerleşmelerinden gelen ve Tunç Çağı ölü gömme kültürünün en güzel örnekleri olarak bilinen gaga ağızlı ve üç ayaklı seramik kaplar ve rytonlar ile bölgenin erken çağlardaki ibadet biçimlerini ve tanrı fikirlerini yansıtan mermerden yapılmış idollerin türlü versiyonlarını, Miken Devrini temsil eden önemli bir grup (psykter, amphora, kyliks, değişik bronzdan silahlar) oluşturan eserler ve Klozomenai kentine ait pişmiş toprak lahitleri ve küçük buluntuları görmek mümkündür.

Manisa Müzesi'nin iç ve dış avlularında sergilenen yazıt ve stellerin sayıca bolluğu; bölgenin zengin epigrafik belgelere sahip olması en etkin sebep olmakla beraber müze çalışanlarının yanı sıra, bilim adamlarının ve halkın yazılı belgelere gösterdikleri ilginin ifadesini de taşımaktadır. Manisa ve civarında yapılmış yüzey araştırmalarında ve kazılarda elde edilen yazıtlar incelenerek müzeye taşınmış ve konuları hakkında makaleler yazılmıştır. Bu yazıtlarda Lydia'nın antik devirdeki kültürel tarihini ve sosyo-ekonomik yapısını, vatanına hizmetleri geçen bireylerin nasıl onurlandırıldığını, imparator ve kralların genelgelerini, Roma Devrinde şehirler arasındaki mesafeleri gösteren mil taşlarını, Roma ve Bizans dönemlerinin dinsel içerikli ifadelerini bulabiliriz.

Muradiye Külliyesi'nin medrese kısmı, günümüzde Anadolu Türk sanatından örneklerin sergilendiği bir seksiyon olarak düzenlenmiştir. Saruhanlılar, Osmanlılar ve Cumhuriyet dönemlerine ait askerî, dinî ve sivil hayatta kullanılan eşyanın sergilendiği seksiyondaki en erken tarihli eser Manisa Ulu Camii'nin minberine ait ahşap kapı kanatlarıdır. Kündekarî (geçme) tekniği ile ceviz ağacından yapılmış kapı kanatlarındaki ahşap oyma ve fildişi kakma sanatının mükemmelliği yanında, "Yusufoğlu Fakih"in desenlerine göre Daki Oğlu Mehmet'in yaptığına dair bir kitabenin de yer alması esere tarihî bir belge olma niteliğini de kazandırmaktadır. Anadolu Türk sanatında özellikle XVI. yüzyılda zirveye ulaşan çini sanatından örneklerin, sırmalı simli kumaş işlemeciliğinden parçaların, XVII-XVIII. yüzyıllara ait yazma eser ve yazı aletlerinin yer aldığı vitrinler , ziyaretçilerin ilgisini en çok çeken birer sergidir. 1965 yılında Topkapı Sarayı Müzesi'nden naklen gelen eserler de XIX. yüzyıl saray yaşamına ilişkin bilgi vermeleri bakımından önem taşır. Bunlar arasında sultanın huzuruna çıkan herkesin el etek öpemeyeceği, fakat tahtın kenarlarından sarkan "taht kuşakları"nın öpülebileceğini gösteren atlas kuşaklar ile Türk dokuma sanatının özgün örneklerinden bir kumaşın dikimi ile bütün vücudu içine alan sultanın tıraş önlüğü; altın sırma işlemeli hamam havluları; her yıl hac mevsimi öncesinde Kabe'nin bakım ve onarımında harcanacak paraların toplandığı "surre kesesi" izleyenlerin dikkatini çekmektedir. File örgülü çelik zırh, altın desenli miğfer ve dizlik, gergedan derisinden kalkan, okçuluğa ait yay, yüksük, bileklik ile sedef-kemik kakma süslemeli tüfeklerle savaş edevatının yanı sıra her birinde sahibinin ve ustasının isimleri yazılı çelik kılıçlar müze koleksiyonunun nadir eserlerini teşkil ederler

Saray eşyası, dini eserler ve askeri silahlar dışında Batı Anadolu'nun zeybeğini süsleyen gümüş takılar ve başlıkların süsü oyalı yemeniler ile Türk kadınının yetenek ve zevkinin birer simgesi olan el işi örtüler, peşkirler ve giysiler müzece tümü sergilenemeyen değerler hazinesidir.