İzmir’deki camilerin en eskisi ve en büyüğü olarak atfedilir. Avlusunun küçüklüğü caminin hacmiyle tezat oluşturur. Cami bugünkü adını, eskiden İç Liman’ın ağzında bulunan fakat günümüze ulaşmayan Hisar (Liman) Kalesi’nden almıştır. Cami’nin batısında Kızlarağası Hanı, kuzeyinde Yorgancılar Çarşısı ve güneyinde de Yağcılar ve Peynirciler Çarşısı bulunmaktadır. Tahtani olan bu caminin Aydınoğulları’ndan Özdemiroğlu Yakup Bey tarafından yaptırıldığı, caminin ikinci adına istinaden öne sürülmektedir. Kitabesi bulunmayan bu cami, üç mihraplı olmasıyla ve büyüklüğü ile diğer camilerden ayrılır. Caminin ortasında merkezi büyük kubbe, sekiz adet fil ayağı üzerinde durmakta, yanlarda üçer büyük, arkada üç küçük ve son cemaat yerinde de yedi küçük kubbesi ile tek şerefeli minaresi bulunmaktadır. 1813, 1881, 1927 ve 1980 yıllarında onarım gören cami, güneyden ve batıdan payanda kemerleri ve duvarlarıyla desteklenmiştir. Dekorasyon 18 ve 19. yüzyılların etkisi ile zenginleştirilmiştir. Sütun başlıklarında, pencere üzeri ve cephe süslemelerinde mihrap, minber ve vaiz kürsüsünde Avrupa sanatsal etkilerini görmek mümkündür. Cami, Osmanlı dönemi İzmir’inde kütüphaneleri bulunan camiler arasındaydı ve dış avlusunda yer alan kütüphanesiyle önemli yere sahipti. Yakın dönemin ünlü bestekarlarından birisi olan Rakım Erkutlu (1872-1948) Hisar Camii eski imamıydı ve çağımızın “Dede Efendisi” olarak görülen bu kişiliğin, Hisar Camii’nin tarihinde farklı bir yeri vardır. Caminin meydanı bugün çiçekçiler, kahveler, boncukçular, baharatçılar, lokantalar ve kebapçılarla çevrilenmiştir. Şu anda onarımı süren cami kısa zaman içinde tekrar İzmir’le buluşacaktır. Caminin tarihi bakımından çeşitli kaynaklardan bulduğumuz bilgileri burada özet halinde takdim ediyoruz: İzmir’de bir zamanlar Kadifekale (Yukarı Kale) ve Aşağı Kale (Liman Kale) olmak üzere iki ayrı kale vardı. Ancak bunlardan başka, Osmanlıların Girit seferine önem verdikleri tarihlerde, Dördüncü Mehmet zamanında, bugünkü İnciraltı ve Narlıdere arasına, yani körfezin ağız kısmı olarak tabir edebileceğimiz yere Yeni Kale adında, üçüncü bir hisar da yapılmıştı. Aşağı ya da Liman Kale olarak nitelendirilen yer bugünkü eski Gümrük Binası (Konak Pier Alışveriş Merkezi) ile Hisar Camii ve Kızlarağası Hanı arasındaki sahada kalan, eski Belediye Sarayı’nın bulunduğu yerde yapılmıştı. Bu kalenin kimler tarafından ne zaman inşa edildiğine dair bir bilgimiz yoktur ancak San Pietro Hisarı da denilen bu kalenin ilk defa 1261 yılında Cenevizliler tarafından inşa edildiği söylenmektedir (B.F. Slaars ve Iconomos, İzmir Hakkında Tedkikat (Arab-zade Cevdet Tercümesi), İzmir, 1932, s.28-29 ve 242-243) Aydınoğlu Gazi Mehmed Bey’in 1311 senesinde Kadifekale’yi aldığı sırada, Liman Kalesi muhtemelen Cenevizlilerin elinde bulunuyordu. (Mükrimin Halil, Düstürname-i Enveri, İstanbul 1930, s.23) 1326-1328 yıllarında ise, Aydınoğlu Gazi Mehmed Bey’in oğlu Gazi Umur Bey, aşağı İzmir bölgesini Frenklerin elinden alıp, bu limanda bir donanma teşkil etmiş olduğuna göre, San Pietro yani Liman Kale’nin de Türklerin eline geçtiği düşünülmektedir. 1334 tarihinde Papalık, Fransa, Kıbrıs Krallığı ve Rodos ile Venedik cumhuriyeti filoları, İzmir’de karaya asker çıkarmışlardı ancak Gazi Umur Bey, bu kuşatmayı savuşturabildiğinden, Liman Kale’nin 1344 yılına kadar on yıl devamlı olarak Türklerin elinde kaldığı söylenebilir. 1344 yılı sonunda Papalık, Rodos Şövalyeleri, Ceneviz ve Venedik devletlerinin filoları yeniden Liman Kale’yi ele geçirdiler. 1344-1348 yılları arasında Gazi Umur Bey, Saruhanoğulları, Karesioğulları ve Osmanoğulları ile beraber, Çanakkale Boğazı üzerinden Rumeli’ye akınlar düzenliyorlardı. Bu nedenle bu yıllarda İzmir şehri ve Liman Kale Frenklerin elinde kaldı. 1348 yılında Gazi Umur Bey’in İzmir kuşatması sırasındaki vefatından sonra kardeşi Hızır Bey, İzmir’deki Latinler ile bir anlaşma yaptı ve Liman Kale’yi Frenklere bıraktı. Yıldırım Bayezid 1390 yılında yukarı İzmir ve Kadifekale’yi almış olmasına rağmen, almaya teşebbüs etmediği için 1348-1 Aralık 1402 tarihleri arasında Liman Kale Hıristiyanların elinde kaldı. 1402 yılında Timur, Liman Kale’nin etrafındaki hendeklere taş doldurmak ve Liman Kale duvarlarına toprak sürmek suretiyle yaptığı bir savaş sonucu İzmir’i Latin işgalinden kurtardı ve onları haraca bağladı. Timur daha sonra bu şehri, Aydınoğlu Gazi Mehmed Bey’in torunu Cüneyd bin İbrahim Bahadır Bey’e teslim ederek İzmir’den ayrıldı. İzmir, 1413 senesinde Aydınoğlu Gazi Mehmed Bey’in torunu Cüneyd bin İbrahim Bahadır Bey’in elinden alınarak Osmanlı İmparatorluğu’na bağlandı. O dönem hükümdar olan kişi Çelebi Sultan Mehmet’tir. Bu esnada Rodos Şövalyeleri’nin tamir ettirmekte olduğu Liman Kale Osmanlılar tarafından tahrib edilmiştir. Böylece hisar ortadan kaldırılmak istendi. Ancak Katip Çelebi Cihannüma adlı eserinde üç köşeli liman ağzındaki Liman Kale’nin Fatih sultan Mehmet tarafından inşa edildiği ve içinde bir mescidin bulunduğundan bahsetmektedir. 1671 – 1672 yıllarında İzmir’e gelen Evliya Çelebi de İzmir’de iki kale olduğunu söylemektedir. Kendisinin açıklamalarına dayanarak tarihçiler, İzmir’in sahilinde bulunan Hisar Kalesi’nin sonradan yine yaptırıldığını, kalenin içinde ve kale kapısı önünde olmak üzere Hisar Kalesi ile ilgili olacak şekilde bir cami ile mescidin bulunduğunu, ayrıca kale içinde bulunan mescidin daha önceden kilise olarak inşa edildiğini ifade etmektedirler. 1326 – 1328 yıllarında Aydınoğlu Mehmet Bey’in oğlu Gazi Umur Bey’in kaleyi zapt ettiği sırada içindeki kiliseyi camiye dönüştürdüğü, ancak 1344 yılında İzmir (Hisar) Kalesi tekrar Latinlerin eline geçmesiyle bu mescid yine kiliseye dönüştürülmüş olduğu söylenmektedir. Özetle, Hisar Kalesi el değiştirdikçe içindeki yapı mescid ve kiliseye sayısız defa dönüştürülmüştür. Şu anda Hisar Kalesi artık ortada olmadığından, mescid de şu an yoktur. Bazı ifadelere göre İzmir’in Hisar Kalesi önünde bulunan caminin XIV. Yy başlarına kadar bir kilise olduğu güçlü bir şekilde vurgulanmaktadır. (Iconomos) Ancak bugünkü Hisar Cami’nin kimin tarafından net olarak hangi tarihte yapıldığı belli değildir. Ancak Münir Aktepe’nin İzmir Yazıları adlı kitabında caminin diğer adının Yakub Bey Camii olması nedeniyle, Evliya Çelebi’nin camiyi Molla Yakub Efendi’nin himayesinde olduğunu belirtmesi ile vurgulandığı söylenmektedir. Ayrıca İzmir Müzesi’nde İzmir camilerine ait eski eser fişlerinden Hisar Camii’nin 1597-98 yıllarında Özdemiroğlu Yakub Bey tarafından yaptırıldığı ifade edilmiştir. Ancak yine aynı dönemde İzmir’de yaşayan ve büyük bir zayiyesi bulunan Şeyh Yakup adında bir zatın da bulunduğu ifade edilmektedir. Görülen odur ki üç farklı Yakup Bey karşımıza çıkmaktadır. Ancak en güçlü varsayım Özdemiroğlu Yakub Bey tarafından yaptırıldığıdır.