İzmir’de Başdurak denilen mevkide bulunduğu için bu ismi almıştır. Ancak çeşitli kayıtlarda caminin XVII yy ortasından, XIX yy sonuna kadar Hacı Hüseyin Camii adını taşıdığı belirtilmektedir. 1872 yılında tamamlanmış olan Hükümet Konağı’ndan önce, yönetim merkezi olarak kıyıdan biraz daha içeride ve bu bölgede bulunan yapılar kullanılmış olduğu için bu nedenle de bölgeye "Başoturak" denmişti. Bu yer aynı zamanda Kemeraltı’nın çevreleyen kıyı şeridi olan Kemeraltı Caddesi'nin orta yeridir. Zamanla değişim gösteren sözcük Başdurak halini aldı. Bölge bugün İkiçeşmelik'iKemeraltı'na bağlayan Kestelli Yokuşu'nun Anafartalar Caddesi'ne ulaştığı önemli bir kavşaktır. Bu cami hakkında bilgilerin bulunduğu en eski eserin Evliya Çelebi’nin seyahatnamesi olduğu bilinmektedir. Katip Çelebi’nin Cihannüma adlı eserinde de caminin yerinin tarifinin yazıldığı söylenmektedir. Evliya Çelebi’nin seyahatnamesinde ilk defa caminin Hacı Hüseyin adlı bir kişi tarafından 1652 yılında yaptırıldığı ifade edilmektedir. Hacı Hüseyin adlı kişinin kimliği hakkında detaylı bir bilgi bulunmasa da, caminin onarımına ilişkin bilgiler cami kitabesinden edinilmektedir. Caminin yapılışına ilişkin kitabe ise bugün yerinde yoktur. Sadece 1774 yılında cami tamir edildiği zaman bir kitabe koyulmuştur, ancak tamiri kimin yaptığına ilişkin bir açıklama verilmemektedir. Caminin ikinci onarım kitabesi ise avlu kapısı taç kısmının iç ve dış yüzeyinde yer almaktadır. Bu kitabeye göre cami, depremde büyük zarar gördüğünden, halkın yardımıyla 1894-1895 yıllarında onarılmıştır. Son olarak Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından üç yıl süren çalışmalarla restore edilen cami 2001 yılı Mayıs ayında ibadete açılmıştır. Cami 1774/1775, 1894/1895, 1997 ve 2001 olmak üzere 4 kez onarım görmüştür. Restore ettirilen caminin son cemaat yeri bugün bir camekanla kaplıdır. Şadırvan (Niflizade - Bıyıklıoğlu) Camii gibi merdivenle çıkılan yapının altında, caminin giriş cephesinin yanında kitabesi bulunmayan şadırvan, çarşıya açılan yapının çevresinde balıkçılar, kasaplar, kuşçular, manavlar ve giyim kuşam üzerine satış yapan dükkanlar bulunmaktadır. Cami, alt katta dükkanların, üst katta ibadet mekanı ile son cemaat yerinin bulunduğu fevkani, yani çarşı-cami tipindedir. Vakıflar Genel Müdürlüğü'nce üç yıl boyunca sürdürülen onarım çalışmaları sırasında raslanan izler değerlendirilerek çarşı bölümüne bir dükkan daha ilave edilmiş ve böylelikle caminin altında bulunan dükkan sayısı 28'e çıkmıştır. Geçmişte de, cami çarşının merkezinde yer aldığı için, cami çevresinde eski ramazanlarda, Karagöz, kukla ve pandomima gösterilerinin yapıldığı kahvelerden söz edilmektedir. Son cemaat mahallinin doğu yönündeki bir kapı, üzeri tonozlu imam odasına ve batı yönündeki diğer kapı ise, minareye giden bir koridora açılmaktadır. Caminin kuzeybatı köşesinde yer alan bugünkü minaresi, yıkılan ilk minarenin yerine sonradan yapılmıştır. Yapının dış cephelerinde, saçağın altındaki alçı friz ile üzerindeki çiçek motifleri dikkat çekmektedir. Duvarların üst kısmı, alt ve üst kat pencereleri ile mihrap, bitkisel motiflerden oluşan alçak kabartma alçılarla bezelidir. Tüm ihtişamıyla göz kamaştıran Başdurak Camii'nin içinde yer yer kalem işi süslemelere de rastlanmaktadır. Ana mekân, sekizgen kasnağa oturmuş büyük bir kubbe ile örtülüdür. Mihrabı çini panolarla kaplıdır. Bütün başlıkları altın olup, pencereler vitraylıdır. Minber girişinde ve yan aynalıklarında bulunan mermer kabartmalar ile korkuluklarındaki ajur tekniğinde yapılmış bitkisel süslemeler de görülmeye değerdir. Bazı büyük camilerin son cemaat mahallinde yer alan balkon gibi yüksekçe mahal de müezzinlere tahsis edilir ve onların namaz için kamet getirdikleri, namaz esnasında tekbirlere yüksek sesle katıldıkları ve namazı takiben çeşitli dua ve tesbihat maksadıyla cemaata yüksek sesle rehberlik ettikleri bir yer teşkil eder; ancak buralara şerefe değil, "mükebbire" veya "mizane" denilir. Başdurak Camii'nin mükebbiresi ve ayrıca bayanlar mahfili çok zariftir. Özellikle bayanlar mahfiline çıkan merdiven çok zarif bir kuleye saklanmıştır. Avluya açılan kapının üzerinde diğer camilerde rastlanmayan bir padişah tuğrası dikkat çeker. Tuğra İzmir'de tektir. İzmir'de başka hiçbir camide Padişah Tuğrası bulunmamaktadır. Üzerinde padişah tuğrası bulunan onarım kitabesinde 1310/11(1894/95 - 1895/96) tarihleri yazılıdır. Onarım kitabesinde yer alan tuğranın II. Abdülhamit'e ait olduğunu söylemek mümkündür.