1913-1914 yıllarında yapılmış olan müze Başkomutan Meydan Muharebesinin planlandığı ve taarruz emrinin verildiği yerdir. Müzede hem Başkomutan savaşı ile ilgili bilgi verilmekte hem de Başkomutan Mustafa Kemal Paşa, Batı Cephesi Komutanı İsmet İnönü Paşa, Genelkurmay Başkanı Fevzi Çakmak Paşa ve Batı Cephesi Harekat Şube Müdürü Tevfik Bıyıkoğlu anısına düzenlenen odalar sergilenmektedir. Cumhuriyet'in kuruluşunun ilk yıllarında Afyon'da kurulan Asar-ı Atika Muhipleri Cemiyeti'nin çabaları sonucunda, Gedik Ahmet Paşa Medresesi (Taş Medrese), çevredeki eski eserlerin toplandığı bir depo haline getirilmeye başlanmıştır. Cemiyetin Başkanı olan Öğretmen Süleyman Gönçer, 1931 yılında resmi müze deposu haline getirilen medreseye memur olarak atanmıştır. Aynı zamanda Halkevlerinin Müzecilik ve Sergi Kolu Başkanı da olan Süleyman Bey, resmi kuruluşların ve Halkevinin de desteğiyle depoyu zenginleştirmiştir. 1933 yılında Müze Müdürlüğü haline gelen müze Cumhuriyetimizin 10. yılında resmen açılmış ve başına Süleyman Bey getirilmiştir.1933 yılından 1970 yılına kadar karma müze olarak hizmet veren Afyon Müzesi, 1971 yılında Müze Müdürlüğü ve Arkeoloji Müzesi'nin bulunduğu yeni binasına taşınmıştır. 1971 yılından itibaren etnografik özellikli taş eserlerin deposu durumunda bırakılan Gedik Ahmet Paşa Medresesi, 1978 yılında başlatılan ve 1994 yılına kadar süren onarımı, teşhir ve tanzimi sonucu 1995 yılında Türk İslam Eserleri Müzesi olarak ziyarete açılmış, ancak binadaki giderilemeyen yoğun rutubetin eserlere zarar vermesi nedeniyle, 1996 yılında kapatılarak eserler Müdürlük bünyesindeki depoya alınmıştır. Burada yeniden teşhir ve tanzimi yapılacaktır. Arkeoloji Müzesi, oldukça zengin bir koleksiyona sahiptir. Burada Eski Tunç, Hitit, Frig, Lidya, Helenistik, Roma ve Bizans dönemlerine ait önemli eserler yer almaktadır. Bunlar arasında mermer heykelleri, şehir sikkeleri, Kusura kazısı buluntuları, Hitit ve ana tanrıça heykel ve figürleri de vardır.